Το Σπήλαιο Αλεπότρυπα που ερευνάται από το 1970 από τον Γ. Παπαθανασόπουλο, κατοικήθηκε κατά τη Νεολιθική περίοδο (6000-3000 π.Χ.) και έχει αποδώσει χιλιάδες ευρημάτων κεραμικής, λίθινων και οστέινων εργαλείων, κοσμημάτων καθώς και ανθρώπινων και ζωικών οστών.
Στόχοι του προγράμματος είναι:
α) η αναπαράσταση του παλαιοπεριβάλλοντος της δυτικής Μάνης μετά το τέλος του Πλειστοκαίνου και η αλληλεπίδρασή της με την παρουσία του ανθρώπου,
β) η πραγματοποίηση συστηματικής επιφανειακής έρευνας στον περίγυρο του κόλπου του Διρού καιμέσω της η μελέτη και δημοσίευση του ανασκαμμένου αρχαιολογικού υλικού.
Οι έρευνες το 2012 ξεκίνησαν με γεωφυσικές διασκοπήσεις από το Εργαστήριο Γεωφυσικής- Δορυφορικής Τηλεπισκόπησης και Αρχαιοπεριβάλλοντος του Ινστιτούτου Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας, στην περιοχή Ξαγκουνάκι (Νεολιθική ακρόπολη του Διρού) βόρεια της εισόδου του σπηλαίου Αλεπότρυπα.
Συγκεκριμένα, διενεργήθηκαν μαγνητικές και ηλεκτρομαγνητικές έρευνες με χρήση γεωραντάρ και ηλεκτρικής τομογραφίας για τη μέτρηση της ηλεκτρικής αντίστασης μέχρι βάθος 3-4μ. Επίσης πραγματοποιήθηκε φωτογράφηση της μεγάλης αίθουσας του σπηλαίου Αλεπότρυπα με στόχο την τρισδιάστατη φωτογραμμετρική αποτύπωσή της.
Για την επιφανειακή έρευνα, οι συντεταγμένες των χαρακτηριστικών σημείων προσδιορίστηκαν με χρήση Διαφορικού Παγκόσμιου Συστήματος Προσδιορισμού θέσης (DGPS) με δυνατότητα αποτελεσμάτων σε πραγματικό χρόνο. Από την επιφανειακή έρευνα των προηγούμενων ετών εντοπίστηκαν περιοχές μεγαλύτερης συγκέντρωσης κεραμικών και λίθινων ευρημάτων προϊστορικών ή ιστορικών περιόδων.
Ειδικά στην περιοχή Ξαγκουνάκι βρέθηκε πυκνή συγκέντρωση λίθινων εργαλείων, οστράκων και ανθρώπινων οστών της Ύστερης Νεολιθικής, από τα οποία λήφθηκαν δείγματα για ραδιοχρονολόγηση, η οποία πραγματοποιήθηκε στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης και προσδιόρισε την ηλικία των ευρημάτων στο 4200 π.Χ. Τα ευρήματα παρέμειναν στη θέση τους με σκοπό να διεξαχθεί δοκιμαστική ανασκαφή το 2012, η οποία και πραγματοποιήθηκε.
Ειδικότερα διεξήχθησαν δύο δοκιμαστικές τομές. Η πρώτη, στο σημείο που λήφθηκε το δείγμα για ραδιοχρονολόγηση το 2011, έφερε στο φως μια αδιατάρακτη διπλή πρωτογενή παιδική ταφή σε αγγείο. Στην ίδια τομή αποκαλύφθηκαν επίσης τμήματα από άλλη μία κατά χώρα ταφή, επίσης αδιατάρακτη, τριών ενηλίκων, η οποία, κατά πάσα πιθανότητα, ανήκει επίσης στην Τελική Νεολιθική. Η συγκέντρωση των ταφών σε συνδυασμό με τη μεγάλη ποσότητα ευρημάτων κεραμικής και εργαλείων οδηγεί στο συμπέρασμα ότι η θέση κατοικήθηκε εντατικά κατά την Τελική Νεολιθική, σε συνδυασμό με το σπήλαιο Αλεπότρυπα. Αξιοσημείωτη είναι η σχεδόν πλήρης απουσία ευρημάτων μετά τη Νεολιθική περίοδο, που υποδηλώνει ότι τόσο το σπήλαιο όσο και ο περιβάλλων χώρος δεν χρησιμοποιήθηκαν έκτοτε για συστηματική κατοίκηση, όπως είχε ήδη επισημανθεί κατά τις σωστικές ανασκαφές της περιόδου 1970-1971.